Si quieres abreviaturas consistentes de tres letras para cada mes, entonces Sep es perfectamente aceptable. Es de uso general.
Puede haber quienes insistan en Sept como el prefijo latino que lleva el sufijo -ember y lo usan para justificar septiembre junto con noviembre y diciembre , pero noviembre y diciembre son solo probablemente sean «las primeras tres letras» y está bien adoptar Sep también sobre esa base.
Sin embargo, también he visto SPT para septiembre; y Reino Unido Se sabe que los billetes de tren utilizan una combinación de la primera y la última letra con otra letra del medio del nombre (JNY, FBY, DMR), aunque eso es menos común ahora.
Siempre que el contexto deja en claro que la palabra es un mes abreviado, y el mes se puede interpretar fácilmente, no importa cuál sea realmente.