La diferencia entre los dos se explican muy claramente en Wikipedia :
Se presenta el premio Golden Ball al mejor jugador en cada fase final de la Copa Mundial de la FIFA
La Bota de Oro […] es para el máximo goleador de la Copa Mundial de la FIFA.
(Tenga en cuenta que la página de Wikipedia está un poco desactualizada con respecto a quién vota por el Balón de Oro, mientras que en 2010 fue votado por los medios, en 2014 fue votado por Grupo de estudio técnico ).