Recientemente instalé Ubuntu 16.04 (porque todavía estaba usando 12.04). Pero parece que los guiones de mis herramientas de cama ya no funcionan correctamente. No puedo entender cómo usar las nuevas herramientas de cama para mis viejos métodos. Lo que quiero hacer es obtener el número de lecturas de un archivo bam, por intervalo, de un archivo bed. Era muy simple con mi versión anterior de Ubuntu y bedtools:
bedtools coverage -abam file.bam -b All_peaks.bed > file.cov.txt Pero esto parece que ya no funciona. Solía obtener archivos pequeños como resultado (~ 3MB), pero ahora se crean archivos enormes (~ 4GB) incluyendo nombres de lectura ??
Estoy usando bedtools v2.25 ahora.
Respuesta
El orden de -a y -b cambió en algún momento. Quieres:
bedtools coverage -a All_peaks.bed -b file.bam > file.cov.txt Como referencia, este es el final de la salida de ayuda en la versión 2.25:
Default Output: After each entry in A, reports: 1) The number of features in B that overlapped the A interval. 2) The number of bases in A that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in A. 4) The fraction of bases in A that had non-zero coverage. Y este es el resultado equivalente de la versión 2.19:
Default Output: After each entry in B, reports: 1) The number of features in A that overlapped the B interval. 2) The number of bases in B that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in B. 4) The fraction of bases in B that had non-zero coverage. Actualización : El cambio de comportamiento ocurrió en la versión 2.24:
Hemos cambiado el comportamiento de la herramienta de cobertura para que sea consistente con las otras herramientas. Específicamente, la cobertura ahora se calcula para los intervalos en el archivo A según la superposición s con el archivo B, en lugar de viceversa.
Comentarios
- ¡Gracias Devon! No ' no estaba al tanto del ' conmutador '. ¡Cambiar -a y -b resuelve mi problema!