Nedávno jsem nainstaloval Ubuntu 16.04 (protože jsem stále používal 12.04). Ale zdá se, že moje skripty nástrojů již nefungují správně. Nemohu přijít na to, jak používat nové nástroje pro mé staré způsoby. To, co chci udělat, je získat počet načtení ze souboru bam za interval ze souboru postele. S mojí starou verzí Ubuntu a bedtoolů to bylo velmi jednoduché:
bedtools coverage -abam file.bam -b All_peaks.bed > file.cov.txt Zdá se však, že to už nefunguje. Dříve jsem jako výsledky získával malé soubory (~ 3 MB), ale nyní jsou vytvářeny obrovské soubory (~ 4 GB) včetně jmen pro čtení ??
Nyní používám bedtools v2.25.
Odpověď
Pořadí -a a -b se v určitém okamžiku přepnulo. Chcete:
bedtools coverage -a All_peaks.bed -b file.bam > file.cov.txt Toto je konec výstupu nápovědy ve verzi 2.25:
Default Output: After each entry in A, reports: 1) The number of features in B that overlapped the A interval. 2) The number of bases in A that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in A. 4) The fraction of bases in A that had non-zero coverage. A toto je ekvivalentní výstup z verze 2.19:
Default Output: After each entry in B, reports: 1) The number of features in A that overlapped the B interval. 2) The number of bases in B that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in B. 4) The fraction of bases in B that had non-zero coverage. Aktualizovat : Ke změně chování došlo ve verzi 2.24:
Změnili jsme chování nástroje pro pokrytí tak, aby bylo v souladu s ostatní nástroje. Konkrétně se nyní počítá pokrytí pro intervaly v souboru A na základě překrytí s souborem B, nikoli naopak.
Komentáře
- Díky Devone! Nevěděl jsem ' o ' přepínači '. Přepnutí -a a -b skutečně vyřeší můj problém!