«¿Qué estás esperando?» es gramatical; sin embargo, «¿Qué esperas?» está bien.
«¿A qué estás esperando?» es tiempo presente: si alguien me hace esa pregunta, está asumiendo que estoy esperando algo y está preguntando qué es lo que estoy esperando:
¿Qué estás esperando ?
Estoy esperando que pase el tren.
«¿Qué esperas? ¿por?» pregunta sobre algo que está en curso:
Todos los días te veo parado aquí, como si estuvieras esperando algo. ¿Qué ¿esperar?
Espero a que pase el tren.
Una cosa más: «¿Qué estás esperando?» a veces se utiliza como una pregunta retórica , que pregunta básicamente lo mismo que «¿Por qué estás ahí parado?»
Billy, necesito que salgas a rastrillar las hojas.
Billy [sin moverse]:» Está bien «.
Bueno, ¿Qué estás esperando?
La frase «¿Qué esperas?» no se utilizaría en este contexto.