Ambas son correctas y significan exactamente lo mismo.
Ciertamente puedo imaginar situaciones en las que se preferiría «cien»; por ejemplo, en respuesta a una pregunta como:
Q. ¿Cruella de Ville robó ciento un Beagles, o dos ciento uno?
A. Uno cien. Y fueron los dálmatas idiotas, no los beagles.
O, por el contrario:
Q. ¿Cuántas flexiones dijiste que hacías cada mañana? ¿Fueron cien o un millón?
A. ¿¡Eh !? ¿Qué crees que soy, una máquina? Fueron cien. ¡Obviamente!
Pero incluso allí, las formas «a» y «uno» son prácticamente intercambiables.