Bootstrap-Werte

Die Bootstrap-Werte gehören zu einer breiten Kategorie von Werten, die als Unterstützungswerte bezeichnet werden. Unterstützungswerte werden im Allgemeinen verwendet, um einige Hinweise zu geben Der Grad, in dem man sicher sein kann, dass der Zweig ein in den Daten vorhandenes „Signal“ darstellt.

Insbesondere geben Bootstrap-Werte an, wie robust Die Zweige im Baum sind, dh wie widerstandsfähig sie gegen Störungen in den Daten sind. Sie werden durch erneutes Abtasten von Spalten in der Datenmatrix erhalten, wobei Bäume aus solchen erneuten Abtastungen erstellt werden Matrizen und Blick auf den Anteil der erhaltenen Bäume, die einen bestimmten Zweig enthalten.

Im Fall von Bootstrap wird der Neuabtastungsschritt auf folgende Weise ausgeführt: Angenommen, die ursprüngliche Datenmatrix hat N Spalten (d. h. N-codierte Zeichen, die Nukleotide oder Aminosäuren in einem Sequenzalignment sein können, morphologische Zeichen, Vorhandensein / Fehlen genomischer Merkmale usw.). Eine neue Matrix wird erhalten, indem eine dieser Spalten N-mal zufällig gezeichnet wird. Die neue Matrix hat daher die gleiche Anzahl von Zeichen, einige aus der ursprünglichen Matrix sind jedoch mehrmals vorhanden, andere fehlen. Dies beeinflusst die Topologie des Baums. Wenn beispielsweise ein Zweig von Zeichen unterstützt wurde, die jetzt nicht vorhanden sind, wird dieser Zweig bei dieser bestimmten Neuabtastung möglicherweise nicht mehr angezeigt. Die erneute Abtastung wird normalerweise etwa 100- oder 1000-mal durchgeführt.

Ein niedriger Bootstrap-Wert bedeutet, dass dieser Zweig wahrscheinlich nicht angezeigt wird, wenn der Baum unter Verwendung einer Teilmenge der Daten erstellt wird.

Ein hoher Bootstrap-Wert bedeutet, dass der Zweig wahrscheinlich in einem Baum angezeigt wird, der aus einer solchen neu abgetasteten Matrix erstellt wurde. Dies bedeutet jedoch nicht unbedingt, dass der Zweig eher die wahren historischen Beziehungen darstellt: Manchmal können Rekonstruktionsartefakte robust sein. Beispielsweise können bei einigen Methoden zur Rekonstruktion der molekularen Phylogenie Taxa aufgrund von Ähnlichkeiten in der Genomzusammensetzung gruppiert werden. Hohe Bootstrap-Werte zeigen an, dass die Daten, die den Zweig unterstützen, ein starkes Signal enthalten, sei es ein historisches Signal oder ein anderes.

Kommentare

• Schöne Antwort + 1. Würde es Ihnen etwas ausmachen zu klären, wie wir ein Resample durchführen? Nur zu erklären, wie die Daten in der Matrix organisiert sind, kann helfen, zu verdeutlichen, was re-sampling columns in the data matrix wirklich bedeutet. Bedeutet dies, dass die sequenzierten SNPs oder die verfügbaren Personen oder andere vorverarbeitete Statistiken usw. untergeordnet werden?
• @ Remi.b Ich habe versucht, meine Antwort ein wenig zu erweitern. Dies ist eine erneute Abtastung von Zeichen (herkömmlicherweise als Spalten codiert), nicht von Einzelpersonen (herkömmlicherweise als Zeilen codiert). Beachten Sie, dass eine erneute Stichprobe von Personen zu Bäumen in verschiedenen Taxa-Sätzen führen würde und es daher unmöglich wäre, Zweige einfach zwischen Bäumen zu vergleichen und Zweigunterstützungswerte zu berechnen.
• @ Remi.b Wenn Sie lesen können Französisch und interessiert an diesen Unterstützungswerten, können Sie sich die Einführung meiner These ansehen (Seiten 9 und 10 von tel.archives-ouvertes.fr/tel-00331825 ). Ich sehe, dass ich " Störungen de l é chantillonnage taxinomique " in gewisser Weise erwähnt habe Robustheit messen, aber ich kann mich ' nicht erinnern, was ich vorhatte …
• Wow, ich wusste nicht, dass die Leute immer noch Doktorarbeiten auf Französisch schreiben! Es ist ein Schmerz, wenn Sie Ihre Veröffentlichungen nur für die Abschlussarbeit vom Englischen ins Französische übersetzen müssen. Ja, ich kann Französisch lesen. Vielen Dank für den Link.
• In Frankreich ist es meiner Meinung nach immer noch üblich, Thesen auf Französisch zu schreiben (insbesondere in den Geisteswissenschaften, aber nicht nur). Der Haupttext der Arbeit wurde in französischer Sprache verfasst, die Artikel wurden jedoch unverändert in englischer Sprache aufgenommen. Ich ' bin froh, dass ich in meiner Muttersprache schreiben konnte: Es hat die Erfahrung viel angenehmer gemacht.