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HLLを使用するときに気付く唯一の本当の違いは、コードサイズです。そして、いくつかの機能/ライブラリがx64でまだ利用できないことを発見しました。ああ、x64コードは、少なくとも.NETではパフォーマンスが低下する傾向があります。私が取り組んでいるアプリは、x86用にコンパイルすると、約20％高速に実行されます。8バイトの量を移動するバス帯域幅を多く使用しているためか、「チャンク」が発生しているためかはわかりません。 32ビットAPIを64ビットに適合させるためにオンにします。
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あなたが話しているレベル（.NET）では、ほとんど違いはありません。完全にマネージコードを使用している場合、JITはコードを自動的にコンパイルし、パフォーマンス特性が異なり、ほぼ同じように機能します。あるものは速くなり（多くのデータを処理し、データは64ビットチャンクで処理でき、より多くのレジスタが利用可能になるなど）、他のものは遅くなります（64ビットデータ（つまりポインタ）はスターターのキャッシュへのロードが遅くなります） 、つまり、メインメモリからのデータが多くなり、転送が遅くなります。
アンマネージコードを使用する場合は、違いについてのみ心配する必要があります。このブログには問題の概要が記載されています。
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64ビットシステム用に作成される.Netプログラムにはアドレス空間が大きいため、x86-32ビットベースのプログラムよりもはるかに高速になります。また、最新の.NET言語コンパイラは、最適化されたコードを生成します。 JITも近年改善されており、マルチコアJIT最適化を実行できるようになりました。デバッガーも改善されています。一方、64ビットベースのシステム向けに、より優れた最適化されたコードが生成されます。
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