最近Ubuntu16.04をインストールしました（まだ12.04を使用していたため）。しかし、私のベッドツールスクリプトはもう正しく機能していないようです。古い方法で新しいベッドツールを使用する方法がわかりません。私がやりたいのは、ベッドファイルからの間隔ごとに、bamファイルからの読み取り数を取得することです。古いバージョンのUbuntuとbedtoolsでは非常に簡単でした：
bedtools coverage -abam file.bam -b All_peaks.bed > file.cov.txt しかし、これはもう機能しないようです。結果として小さなファイルを取得していました（〜3MB）、しかし今は読み取り名を含む巨大なファイル（〜4GB）が作成されていますか??
現在bedtoolsv2.25を使用しています。
回答
-aと-bの順序は、ある時点で切り替わりました。必要なもの：
bedtools coverage -a All_peaks.bed -b file.bam > file.cov.txt 参考までに、これでバージョン2.25のヘルプ出力は終了です。
Default Output: After each entry in A, reports: 1) The number of features in B that overlapped the A interval. 2) The number of bases in A that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in A. 4) The fraction of bases in A that had non-zero coverage. これはバージョン2.19からの同等の出力です：
Default Output: After each entry in B, reports: 1) The number of features in A that overlapped the B interval. 2) The number of bases in B that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in B. 4) The fraction of bases in B that had non-zero coverage. 更新：動作の変更はバージョン2.24で発生しました：
カバレッジツールの動作を変更して、他のツール具体的には、オーバーラップに基づいてAファイルの間隔のカバレッジが計算されるようになりましたsは、その逆ではなく、Bファイルを使用します。
コメント
- デボンに感謝します！ ' 'スイッチ'を認識していませんでした。 -aと-bを切り替えると、確かに私の問題は解決します！