부트 스트랩 값

부트 스트랩 값은 지원 값 라는 광범위한 값 범주에 속합니다. 일반적으로 지원 값은 다음을 나타내는 데 사용됩니다. 분기가 데이터에있는 일부 “신호”를 나타낸다고 확신 할 수있는 정도입니다.

특히 부트 스트랩 값은 강력한 트리의 분기는 데이터의 섭동에 대한 저항력입니다. 데이터 매트릭스에서 열을 다시 샘플링하여 다시 샘플링 된 행렬의 비율을 살펴보고 주어진 분기를 포함하는 트리.

부트 스트랩의 경우 재 샘플링 단계는 다음과 같은 방식으로 수행됩니다. 원래 데이터 행렬에 N 개의 열이 있다고 가정합니다 (예 : N 인코딩 된 문자, 서열 정렬에서 뉴클레오티드 또는 아미노산 일 수 있음, 형태 학적 특성, 게놈 특징의 존재 여부 등). 이 열 중 하나를 N 번 무작위로 그려 새로운 행렬을 얻습니다. 따라서 새 매트릭스는 동일한 수의 문자를 갖지만 원래 매트릭스의 일부는 여러 번 표시되고 일부는 부재합니다. 이것은 트리의 토폴로지에 영향을줍니다. 예를 들어, 현재없는 문자가 분기를 지원하는 경우이 분기는이 특정 재 샘플링으로 더 이상 나타나지 않을 수 있습니다. 재 샘플링은 일반적으로 약 100 회 또는 1000 회 수행됩니다.

부트 스트랩 값이 낮 으면 트리가 데이터의 하위 집합을 사용하여 구축 된 경우이 분기가 나타나지 않을 가능성이 있음을 의미합니다.

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높은 부트 스트랩 값은 분기가 이러한 재 샘플링 된 행렬로 구성된 트리에 나타날 가능성이 있음을 의미합니다. 이것은 분기가 진정한 역사적 관계를 나타낼 가능성이 더 높다는 것을 반드시 의미하지는 않습니다. 때로는 재구성 인공물이 강력 할 수 있습니다. 예를 들어, 일부 분자 계통 발생 재구성 방법을 사용하면 분류군이 게놈 구성의 유사성을 기반으로 그룹화 될 수 있습니다. 높은 부트 스트랩 값은 분기를 지원하는 데이터에 과거 신호 든 다른 신호 든 강한 신호가 있음을 나타냅니다.

댓글

• 좋은 답변 + 1. 리샘플링 방법을 설명해 주시겠습니까? 매트릭스에서 데이터가 어떻게 구성되어 있는지 설명하는 것만으로도 re-sampling columns in the data matrix의 실제 의미를 명확히하는 데 도움이 될 수 있습니다. 시퀀싱 된 SNP, 사용 가능한 개인 또는 기타 사전 처리 된 통계 등의 부분 집합을 의미합니까?
• @ Remi.b 내 대답을 조금 확장하려고했습니다. 이것은 개인 (일반적으로 행으로 인코딩 됨)이 아니라 문자 (일반적으로 열로 인코딩 됨)의 재 샘플링입니다. 개체를 다시 샘플링하면 서로 다른 분류군에있는 나무로 이어질 수 있으므로 단순히 나무 사이의 가지를 비교하고 가지 지원 값을 계산하는 것은 불가능합니다.
• @ Remi.b 읽을 수 있다면 프랑스어를 사용하고 이러한 지원 가치에 관심이있는 경우 내 논문의 소개 ( tel.archives-ouvertes.fr/tel-00331825의 9 및 10 페이지)를 볼 수 있습니다. ). " perturbations de l é chantillonnage taxinomique "를 견고 함을 측정하지만 ' 내가 생각했던 것을 기억할 수 없습니다 …
• 와우 사람들이 여전히 프랑스어로 박사 학위 논문을 쓰고 있다는 것을 몰랐습니다! 논문을 위해 출판물을 영어에서 프랑스어로 번역하는 것은 고통 스럽습니다. 네, 프랑스어를 읽을 수 있습니다. 링크 감사합니다.
• 프랑스에서는 여전히 프랑스어로 논문을 쓰는 것이 일반적이라고 생각합니다 (특히 인문학 분야에서뿐만 아니라). 논문의 본문은 프랑스어로 작성되었지만 기사는 그대로 영어로 포함되었습니다. 저는 ' 모국어로 글을 쓸 수있어서 기쁩니다. 그 경험이 훨씬 더 즐거워졌습니다.