최근에 Ubuntu 16.04를 설치했습니다 (아직 12.04를 사용했기 때문에). 하지만 내 bedtools 스크립트가 더 이상 제대로 작동하지 않는 것 같습니다. 이전 방식으로 새 bedtools를 사용하는 방법을 알 수 없습니다. 내가 원하는 것은 침대 파일에서 간격 당 bam 파일에서 읽기 수를 얻는 것입니다. 이전 버전의 Ubuntu와 bedtools를 사용하면 매우 간단했습니다.
bedtools coverage -abam file.bam -b All_peaks.bed > file.cov.txt 하지만 더 이상 작동하지 않는 것 같습니다. 결과로 작은 파일을 가져 오곤했습니다. (~ 3MB),하지만 이제는 읽기 이름을 포함한 대용량 파일 (~ 4GB)이 생성됩니까?
지금은 bedtools v2.25를 사용하고 있습니다.
답변
-a 및 -b의 순서가 어느 시점에서 전환되었습니다. 원하는 사항 :
bedtools coverage -a All_peaks.bed -b file.bam > file.cov.txt 참고로 이것은 버전 2.25의 도움말 출력의 끝입니다.
Default Output: After each entry in A, reports: 1) The number of features in B that overlapped the A interval. 2) The number of bases in A that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in A. 4) The fraction of bases in A that had non-zero coverage. 다음은 버전 2.19의 동일한 출력입니다.
Default Output: After each entry in B, reports: 1) The number of features in A that overlapped the B interval. 2) The number of bases in B that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in B. 4) The fraction of bases in B that had non-zero coverage. 업데이트 : 버전 2.24에서 동작이 변경되었습니다.
커버리지 도구의 동작을 다음과 일치하도록 변경했습니다. 특히, 커버리지는 이제 중첩을 기반으로 A 파일의 간격에 대해 계산됩니다. s는 B 파일이 아닙니다.
댓글
- Devon에게 감사합니다! ' ' 스위치 '를 인식하지 못했습니다. -a와 -b를 전환하면 실제로 내 문제가 해결됩니다!