¿Está seguro de eliminar este elemento?
Seguro significa» cierto, sin duda». Por lo tanto, esto les pregunta si definitivamente van a eliminar el elemento. Esto no es algo para preguntarle al usuario; en todo caso, es algo para que el usuario pregunte sobre el programa; «definitivamente se habrá ido».
¿Está seguro de que desea eliminar este elemento?
No se pregunta qué sucederá (que es una pregunta sobre el programa) sino qué se desea (que es una pregunta para el usuario). Este es el indicado.