No hay ninguna razón en particular por la que uno deba ser de ese signo y el otro del otro. La elección es principalmente histórica y la opción opuesta (carga positiva para el electrón y negativa para el protón) funcionaría también con solo algunos cambios leves de signo en las ecuaciones. La única parte importante es que su carga sea opuesta.
Los protones no son una partícula elemental, mientras que los electrones sí lo son. Los protones están formados por quarks, los electrones no están formados por partes constituyentes de diferencia; son simplemente electrones. Le dejo a usted que busque las partes constituyentes de los protones; tienen cargas individuales dentro de sí mismos.
La razón real por la que una es positiva y la otra es negativa es un poco más complicada. Si eso es la respuesta que estás buscando, quizás debas hacer una pregunta más específica.
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