Desejo aplicar um material apenas às faces de um objeto que foram editados por um modificador booleano definido para subtrair.
Um seria um material e B seria outro. Também estou fazendo isso em uma animação, então o objeto de subtração está mudando a cada quadro.
Resposta
É assim que funciona funciona por padrão – transferência de materiais de um objeto para outro com operações booleanas. Você só precisa ter slots de material para todos os materiais usados em ambos os objetos.
Então, basta adicionar um slot de material e configurá-lo com o mesmo material que o objeto que você usa para a operação booleana se transferirá para aquela área. 
Comentários
- Gostaria que ainda funcionasse assim. editar: Sim, ainda falta – eu perdi a parte em que ambos os objetos precisam daquele material compartilhado entre eles para que possam funcionar.