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Resposta
A diferença entre os dois são explicados com clareza na Wikipedia :
O prêmio Bola de Ouro é apresentado ao melhor jogador em cada final da Copa do Mundo da FIFA
O prêmio Chuteira de […] Ouro vai para o artilheiro da Copa do Mundo da FIFA.
(Observe que a página da Wikipedia está um pouco desatualizada em relação a quem vota na Bola de Ouro – enquanto em 2010 foi votada pela mídia, em 2014 foi votada pela Grupo de estudo técnico ).