Recentemente instalei o Ubuntu 16.04 (porque ainda estava usando o 12.04). Mas parece que meus scripts de bedtools não funcionam mais corretamente. Não consigo descobrir como usar as novas bedtools para meus velhos hábitos. O que eu quero fazer é obter o número de leituras de um arquivo bam, por intervalo de um arquivo de cama. Era muito simples com minha versão antiga do Ubuntu e bedtools:
bedtools coverage -abam file.bam -b All_peaks.bed > file.cov.txt Mas isso parece não funcionar mais. Eu costumava obter pequenos arquivos como resultados (~ 3 MB), mas agora arquivos enormes são criados (~ 4 GB) incluindo nomes de leitura ??
Estou usando o bedtools v2.25 agora.
Resposta
A ordem de -a e -b mudou em algum ponto. Você deseja:
bedtools coverage -a All_peaks.bed -b file.bam > file.cov.txt Para referência, este é o final da saída de ajuda na versão 2.25:
Default Output: After each entry in A, reports: 1) The number of features in B that overlapped the A interval. 2) The number of bases in A that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in A. 4) The fraction of bases in A that had non-zero coverage. E esta é a saída equivalente da versão 2.19:
Default Output: After each entry in B, reports: 1) The number of features in A that overlapped the B interval. 2) The number of bases in B that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in B. 4) The fraction of bases in B that had non-zero coverage. Atualização : A mudança no comportamento aconteceu na versão 2.24:
Mudamos o comportamento da ferramenta de cobertura de modo que seja consistente com as outras ferramentas. Especificamente, a cobertura agora é calculada para os intervalos no arquivo A com base na sobreposição s com o arquivo B, em vez de vice-versa.
Comentários
- Obrigado Devon! Não estava ' ciente da ' switch '. Alternar -a e -b resolve de fato meu problema!