Scriu o declarație if-then-else folosind awk într-un script bash.
Ce aș vrea să fac este să identificăm liniile cu valori col 1 care nu se potrivesc cu un anumit șir (rs sau chr) și să adăugăm un prefix (chr) la valorile col 1 pentru acele linii identificate. Toate liniile cu șirul potrivit ar trebui să se tipărească așa cum erau – nu se adaugă.
Linia mea de cod până acum este:
awk "{if (! ($1 ~ /rs/ || $1 ~ /chr/)) {($1 == "chr"$1); print $0}}; else {print $0}" filename > newfilename I Continuați să primiți mesaje de eroare de sintaxă cu acest cod.
Pot efectua singuri identificarea și adăugarea cu succes, dar am probleme la combinarea acestora într-o singură comandă.
Comentarii
Răspundeți
Iată codul dvs., extins pentru vizibilitate:
awk " { if (! ($1 ~ /rs/ || $1 ~ /chr/) ) { ($1 == "chr"$1); print $0} }; else { print $0 } " filename > newfilename
Există o serie de probleme cu care ne amintim
- Folosiți o comparație de egalitate în loc de atribuire pentru a încerca și adăugați prefixul
chr - Ați pus ceea ce ar trebui să fie o atribuire între paranteze
- Există un după primul
- Nu ar trebui să existe punct și virgulă înainte de partea
else - Vă lipsește închiderea finală
}după cod
Iată o versiune fixă, încă extinsă:
awk " { if (! ($1 ~ /rs/ || $1 ~ /chr/) ) { $1 = "chr" $1; print $0 } else { print $0 } } " filename > newfilename Și apoi putem vedea o simplă optimizare pentru a muta print $0 repetată în afara stării dvs.:
awk " { if (! ($1 ~ /rs/ || $1 ~ /chr/) ) { $1 = "chr" $1 } print $0 } " filename > newfilename Deoarece aceasta este în esență o simplă „condiție → modificare” pe care o puteți utiliza de fapt structura standard awk pentru a simplifica acest lucru în continuare. Aici avem două instrucțiuni awk, procesate secvențial pentru fiecare linie a fișierului dvs. de intrare. Primele linii prefixează "chr" după cum este necesar. Al doilea tipărește fiecare linie.
awk " (! ($1 ~ /rs/ || $1 ~ /chr/) ) { $1 = "chr" $1 } 1 " filename > newfilename Deoarece acesta este awk poate fi chiar înfășurat într-o singură linie , deși lizibilitatea suferă puțin
awk "(! ($1 ~ /rs|chr/) ) { $1 = "chr" $1 } 1" filename > newfilename Răspuns
Utilizarea acestei linii pare să funcționează perfect:
awk "!($1 ~ /rs/ || /chr/) {$1="chr"$1}1" Comentarii
-
($1 ~ /rs/ || /chr/)se va potrivi cu$1pentru"rs", dar$0pentru"chr". Ar trebui să fie($1 ~ /rs/ || $1 ~ /chr/)sau($1 ~ /rs|chr/)
'{ if ( this is given) { do this } else { do that } }'