Am instalat recent Ubuntu 16.04 (pentru că încă foloseam 12.04). Dar se pare că scripturile mele pentru instrumente de pat nu mai funcționează corect. Nu pot să-mi dau seama cum să folosesc noile instrumente de pat pentru vechile mele moduri. Ceea ce vreau să fac este să obțin numărul de citiri dintr-un fișier bam, pe interval dintr-un fișier de pat. A fost foarte simplu cu vechea mea versiune de Ubuntu și bedtools:
bedtools coverage -abam file.bam -b All_peaks.bed > file.cov.txt Dar acest lucru nu pare să mai funcționeze. Obișnuiam să obțin fișiere mici ca rezultate (~ 3MB), dar acum sunt create fișiere uriașe (~ 4 GB), inclusiv numele citite ??
Acum folosesc bedtools v2.25.
Răspuns
Ordinea -a și -b a trecut la un moment dat. Doriți:
bedtools coverage -a All_peaks.bed -b file.bam > file.cov.txt Pentru referință, acesta este sfârșitul ajutorului din versiunea 2.25:
Default Output: After each entry in A, reports: 1) The number of features in B that overlapped the A interval. 2) The number of bases in A that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in A. 4) The fraction of bases in A that had non-zero coverage. Și acesta este rezultatul echivalent din versiunea 2.19:
Default Output: After each entry in B, reports: 1) The number of features in A that overlapped the B interval. 2) The number of bases in B that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in B. 4) The fraction of bases in B that had non-zero coverage. Actualizați : Schimbarea comportamentului a avut loc în versiunea 2.24:
Am schimbat comportamentul instrumentului de acoperire astfel încât să fie în concordanță cu în mod specific, acoperirea este acum calculată pentru intervalele din fișierul A pe baza suprapunerii s cu fișierul B, mai degrabă decât invers.
Comentarii
- Mulțumesc Devon! ' nu știam de comutatorul ' '. Comutarea -a și -b rezolvă într-adevăr problema mea!