Încerc să obțin corecta corectură Bonferroni.
Să presupunem că am un set de date cu 100 de valori p, 20 semnificativ la nivelul minim de 10% (valoarea p < 0,1) și 80 nesemnificativ (valoarea p> = 0,1).
La aplicarea corecției Bonferroni cu R, folosind p.adjust() care este valoarea corectă n?
Să pun n = 100 (toate valorile p) sau n = 20 (numai valorile p semnificative)?
Vă mulțumim pentru ajutor
Răspuns
Nu este indiferent dacă valorile dvs. p sunt semnificative sau nu. N dvs. este numărul de teste (= valori p) pentru care doriți să corectați. Dacă sunteți interesat de rezultatele tuturor celor 100 de teste, atunci n = 100.
Comentarii
- deci folosirea n = 100 ar trebui să se aplice și dacă sunt interesat să corectez doar valorile p t hat sunt semnificative?
- Da, nu ar trebui să corectați pe baza valorilor p. Ar trebui să vă controlați rata de eroare de tip 1 pentru mai multe teste, înainte de a rula testele. Mai întâi determinați câte teste doriți efectiv să efectuați. Ești penalizat pentru că ai efectuat teste inutile.
- mulțumesc. Dar cu datele mele reale din 1.000 de teste obțin doar 2 valori p semnificative după corecția Bonferroni. Cred că este prea strict.
- Există și alte corecții care v-ar putea oferi mai multă putere pentru a detecta efecte semnificative. Punctele importante sunt: 1) de ce susțineți 100 (1.000?) De teste? 2) de ce sună de parcă scopul tău este să găsești semnificație? Acest lucru nu ar trebui să fie ', ar trebui să vă propuneți să faceți inferențe și corecții corecte – Bonferroni sau altele – vă ajută să vă controlați rata de eroare de tip 1, care vă ajută în această direcție.
- Nu ' nu știu întrebările dvs. despre domeniu, proiectare sau cercetare, așa că este dincolo de mine dacă într-adevăr aveți nevoie de toate aceste teste. Dacă aceasta este cercetare exploratorie, poate luați în considerare alte alternative decât valorile NHST și p.