Jag installerade nyligen Ubuntu 16.04 (eftersom jag fortfarande använde 12.04). Men det verkar som om mina sängverktygsskript inte fungerar ordentligt längre. Jag kan inte ta reda på hur jag använder de nya sängverktygen för mina gamla sätt. Vad jag vill göra är att få antalet läsningar från en bam-fil, per intervall från en sängfil. Det var väldigt enkelt med min gamla version av Ubuntu och sängverktyg:
bedtools coverage -abam file.bam -b All_peaks.bed > file.cov.txt Men det verkar inte fungera längre. Jag fick små filer som resultat (~ 3MB), men nu skapas stora filer (~ 4GB) inklusive läsnamn ??
Jag använder sängverktyg v2.25 nu.
Svar
Ordningen på -a och -b bytte någon gång. Du vill:
bedtools coverage -a All_peaks.bed -b file.bam > file.cov.txt Som referens är detta slutet på hjälputdata i version 2.25:
Default Output: After each entry in A, reports: 1) The number of features in B that overlapped the A interval. 2) The number of bases in A that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in A. 4) The fraction of bases in A that had non-zero coverage. Och detta är motsvarande utdata från version 2.19:
Default Output: After each entry in B, reports: 1) The number of features in A that overlapped the B interval. 2) The number of bases in B that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in B. 4) The fraction of bases in B that had non-zero coverage. Uppdatera : Förändringen i beteende hände i version 2.24:
Vi har ändrat täckningsverktygets beteende så att det överensstämmer med Specifikt beräknas nu täckning för intervallen i A-filen baserat på överlappningen s med B-filen, snarare än tvärtom.
Kommentarer
- Tack Devon! Jag kände ' inte medveten om ' -omkopplaren '. Att byta -a och -b löser verkligen mitt problem!