Jeg skriver en if-then-else-sætning ved hjælp af awk i et bash-script.
Hvad jeg gerne vil gøre er at identificere linjer med col 1-værdier, der ikke matcher en bestemt streng (rs eller chr) og tilføje et præfiks (chr) til col 1-værdierne for de identificerede linjer. Alle linjer med den matchede streng skal udskrives som de var – ingen tilføjelse.
Min kodelinje hidtil er:
awk "{if (! ($1 ~ /rs/ || $1 ~ /chr/)) {($1 == "chr"$1); print $0}}; else {print $0}" filename > newfilename I fortsæt med at modtage syntaksfejlmeddelelser med denne kode.
Jeg kan udføre identifikationen og tilføjelsen med succes alene, men har problemer med at kombinere dem i en kommando.
Kommentarer
Svar
Her er din kode, udvidet til synlighed:
awk " { if (! ($1 ~ /rs/ || $1 ~ /chr/) ) { ($1 == "chr"$1); print $0} }; else { print $0 } " filename > newfilename
Der er en række problemer med dette, der kommer i tankerne
- Du bruger en ligestillingssammenligning i stedet for opgave for at prøve og tilføj
chrpræfikset - Du har sat hvad der skal være en opgave i parentes
- Der er en ekstern
}efter den første - Der bør ikke være noget semikolon før
elsedel - Du mangler den sidste lukning
}efter koden
Her er en fast version, stadig udvidet:
awk " { if (! ($1 ~ /rs/ || $1 ~ /chr/) ) { $1 = "chr" $1; print $0 } else { print $0 } } " filename > newfilename Og så kan vi se en simpel optimering for at flytte den gentagne print $0 uden for din tilstand:
awk " { if (! ($1 ~ /rs/ || $1 ~ /chr/) ) { $1 = "chr" $1 } print $0 } " filename > newfilename Siden dette er grundlæggende en simpel “betingelse → ændring”, du kan faktisk bruge awk “s standardstruktur til at forenkle dette yderligere. Her har vi to awk udsagn, behandlet sekventielt for hver linje i din inputfil. Første liniepræfikser "chr" efter behov. Den anden udskriver hver linje.
awk " (! ($1 ~ /rs/ || $1 ~ /chr/) ) { $1 = "chr" $1 } 1 " filename > newfilename Da dette er awk, kan den endda rulles op til en enkelt linje , selvom læsbarheden lider lidt
awk "(! ($1 ~ /rs|chr/) ) { $1 = "chr" $1 } 1" filename > newfilename Svar
Brug af denne linje ser ud til at fungerer perfekt:
awk "!($1 ~ /rs/ || /chr/) {$1="chr"$1}1" Kommentarer
-
($1 ~ /rs/ || /chr/)vil matche$1for"rs", men$0til"chr". Du skal enten($1 ~ /rs/ || $1 ~ /chr/)eller($1 ~ /rs|chr/)
'{ if ( this is given) { do this } else { do that } }'