Asensin äskettäin Ubuntu 16.04: n (koska käytin edelleen 12.04: tä). Mutta tuntuu siltä, että sängyntyökalujen komentosarjat eivät enää toimi kunnolla. En voi selvittää, miten uusia sänkytyökaluja käytetään vanhoilla tavoillani. Haluan tehdä, että saan lukumäärän bam-tiedostosta, jaksoittain sängyn tiedostosta. Vanhan Ubuntun version ja bedtoolien kanssa se oli hyvin yksinkertaista:
bedtools coverage -abam file.bam -b All_peaks.bed > file.cov.txt Mutta tämä ei näytä toimivan enää. Minulla oli tapana saada pieniä tiedostoja tuloksina (~ 3 Mt), mutta nyt luodaan valtavia tiedostoja (~ 4 Gt), mukaan lukien luetut nimet?
Käytän nyt bedtools v2.25 -ohjelmaa.
Vastaa
-a ja -b järjestys vaihdettiin jossain vaiheessa. Haluat:
bedtools coverage -a All_peaks.bed -b file.bam > file.cov.txt Tässä on ohjearvon loppu versiossa 2.25:
Default Output: After each entry in A, reports: 1) The number of features in B that overlapped the A interval. 2) The number of bases in A that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in A. 4) The fraction of bases in A that had non-zero coverage. Ja tämä on vastaava ulostulo versiosta 2.19:
Default Output: After each entry in B, reports: 1) The number of features in A that overlapped the B interval. 2) The number of bases in B that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in B. 4) The fraction of bases in B that had non-zero coverage. Päivitä : Muutos käyttäytymisessä tapahtui versiossa 2.24:
Olemme muuttaneet peittotyökalun käyttäytymistä siten, että se on yhdenmukainen Tarkemmin sanottuna peitto lasketaan nyt A-tiedoston aikaväleille päällekkäisyyden perusteella s B-tiedostolla pikemminkin päinvastoin.
Kommentit
- Kiitos Devon! En ollut ' tietoinen kytkimestä ' '. -A-ja -b vaihtaminen ratkaisee todellakin ongelmani!