Jai récemment installé Ubuntu 16.04 (car jutilisais encore 12.04). Mais il semble que mes scripts Bedtools ne fonctionnent plus correctement. Je ne peux pas comprendre comment utiliser les nouveaux bedtools pour mes anciennes méthodes. Ce que je veux faire, cest obtenir le nombre de lectures à partir dun fichier bam, par intervalle à partir dun fichier de lit. Cétait très simple avec mon ancienne version dUbuntu et de bedtools:
bedtools coverage -abam file.bam -b All_peaks.bed > file.cov.txt Mais cela ne semble plus fonctionner. Javais lhabitude dobtenir de petits fichiers comme résultats (~ 3 Mo), mais maintenant dénormes fichiers sont créés (~ 4 Go), y compris les noms lus. h2>
Lordre de -a et -b a changé à un moment donné. Vous voulez:
bedtools coverage -a All_peaks.bed -b file.bam > file.cov.txt Pour référence, cest la fin de la sortie daide de la version 2.25:
Default Output: After each entry in A, reports: 1) The number of features in B that overlapped the A interval. 2) The number of bases in A that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in A. 4) The fraction of bases in A that had non-zero coverage. Et voici la sortie équivalente de la version 2.19:
Default Output: After each entry in B, reports: 1) The number of features in A that overlapped the B interval. 2) The number of bases in B that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in B. 4) The fraction of bases in B that had non-zero coverage. Mise à jour : Le changement de comportement sest produit dans la version 2.24:
Nous avons modifié le comportement de loutil de couverture de sorte quil soit cohérent avec les autres outils. Plus précisément, la couverture est maintenant calculée pour les intervalles dans le fichier A en fonction du chevauchement s avec le fichier B, plutôt que linverse.
Commentaires
- Merci Devon! Je nétais ' pas au courant du ' commutateur '. Changer -a et -b résout en effet mon problème!