Jessaie dobtenir la bonne correction Bonferroni.
Supposons que jai un ensemble de données avec 100 valeurs p, 20 significatif au minimum au niveau de 10% (p-value < 0,1) et 80 non significatif (p-value> = 0,1).
Lors de lapplication de la correction de Bonferroni avec R, en utilisant p.adjust() quelle est la valeur n correcte?
Dois-je mettre n = 100 (toutes les p-values) ou n = 20 (uniquement les p-values significatives)?
Merci pour toute aide
Réponse
Ça ne « t que vos valeurs p soient significatives ou non. Votre n est le nombre de tests (= valeurs p) pour lequel vous voulez corriger. Si vous êtes intéressé par les résultats des 100 tests, alors n = 100.
Commentaires
- donc lutilisation de n = 100 devrait sappliquer également si je suis intéressé à ne corriger que les valeurs p t es-tu significatif?
- Oui, vous ne devriez pas corriger en fonction des valeurs p. Vous devez contrôler votre taux derreur de type 1 pour plusieurs tests, avant dexécuter les tests. Déterminez dabord le nombre de tests que vous souhaitez réellement exécuter. Vous êtes pénalisé pour avoir exécuté des tests inutiles.
- merci. Mais avec mes données réelles sur 1000 tests, je nobtiens que 2 valeurs p significatives après la correction de Bonferroni. C’est trop strict, je pense.
- Il existe d’autres corrections qui pourraient vous donner plus de puissance pour détecter les effets significatifs. Les points importants sont: 1) pourquoi exécutez-vous 100 (1 000?) Tests? 2) Pourquoi pensez-vous que votre objectif est de trouver une signification? Cela ne devrait ' pas être le cas, vous devriez viser à faire des inférences correctes et une correction – Bonferroni ou autre – vous aide à contrôler votre taux derreur de type 1, ce qui vous aide dans cette direction.
- Je ne ' ne connais pas votre domaine, votre conception ou vos questions de recherche, donc je ne sais pas si vous avez vraiment besoin de tous ces tests. Sil sagit dune recherche exploratoire, envisagez peut-être dautres alternatives que les valeurs NHST et p.