Jeg skriver en if-then-else-uttalelse ved hjelp av awk i et bash-skript.
Det jeg vil gjøre er å identifisere linjer med kol 1-verdier som ikke samsvarer med en bestemt streng (rs eller chr) og legge til et prefiks (chr) til kol 1-verdiene for de identifiserte linjene. Alle linjer med den matchede strengen skal skrives ut som de var – ingen vedlegg.
Min kodelinje så langt er:
awk "{if (! ($1 ~ /rs/ || $1 ~ /chr/)) {($1 == "chr"$1); print $0}}; else {print $0}" filename > newfilename I fortsett å motta syntaksfeilmeldinger med denne koden.
Jeg kan utføre identifikasjonen og tilføyingen vellykket alene, men har problemer med å kombinere dem i en kommando.
Kommentarer
Svar
Her er koden din, utvidet for synlighet:
awk " { if (! ($1 ~ /rs/ || $1 ~ /chr/) ) { ($1 == "chr"$1); print $0} }; else { print $0 } " filename > newfilename
Det er en rekke problemer med dette som kommer opp i tankene
- Du bruker en likestillingssammenligning i stedet for oppdrag for å prøve og legg til
chrprefikset - Du har satt det som skal være en oppgave i parentes
- Det er en ekstern
}etter første - Det skal ikke være noe semikolon før
elsedelen - Du mangler den siste lukkingen
}etter koden
Her er en fast versjon, fremdeles utvidet:
awk " { if (! ($1 ~ /rs/ || $1 ~ /chr/) ) { $1 = "chr" $1; print $0 } else { print $0 } } " filename > newfilename Og så kan vi se en enkel optimalisering for å flytte den gjentatte print $0 utenfor din tilstand:
awk " { if (! ($1 ~ /rs/ || $1 ~ /chr/) ) { $1 = "chr" $1 } print $0 } " filename > newfilename Siden dette er i utgangspunktet en enkel «tilstand → endre» du kan faktisk bruke awk «s standardstruktur for å forenkle dette ytterligere. Her har vi to awk utsagn, behandlet sekvensielt for hver linje i inndatafilen. Første linje prefikser "chr" etter behov. Den andre skriver ut hver linje.
awk " (! ($1 ~ /rs/ || $1 ~ /chr/) ) { $1 = "chr" $1 } 1 " filename > newfilename Siden dette er awk, kan den til og med rulles opp til en enkelt linje , selv om lesbarheten lider litt
awk "(! ($1 ~ /rs|chr/) ) { $1 = "chr" $1 } 1" filename > newfilename Svar
Å bruke denne linjen ser ut til å fungerer perfekt:
awk "!($1 ~ /rs/ || /chr/) {$1="chr"$1}1" Kommentarer
-
($1 ~ /rs/ || /chr/)vil matche$1for"rs", men$0for"chr". Du bør enten($1 ~ /rs/ || $1 ~ /chr/)eller($1 ~ /rs|chr/)
'{ if ( this is given) { do this } else { do that } }'