Jeg installerte nylig Ubuntu 16.04 (fordi jeg fortsatt brukte 12.04). Men det ser ut til at sengetøyskriptene mine ikke fungerer ordentlig lenger. Jeg kan ikke finne ut hvordan jeg kan bruke de nye sengetøyene på mine gamle måter. Det jeg vil gjøre er å få antall avlesninger fra en bam-fil, per intervall fra en sengefil. Det var veldig enkelt med min gamle versjon av Ubuntu og sengeverktøy:
bedtools coverage -abam file.bam -b All_peaks.bed > file.cov.txt Men dette ser ikke ut til å fungere lenger. Jeg pleide å få små filer som resultater (~ 3MB), men nå opprettes store filer (~ 4 GB) inkludert lesenavn ??
Jeg bruker sengeverktøy v2.25 nå.
Svar
Rekkefølgen på -a og -b byttet på et tidspunkt. Du vil:
bedtools coverage -a All_peaks.bed -b file.bam > file.cov.txt For referanse er dette slutten på hjelpeproduksjonen i versjon 2.25:
Default Output: After each entry in A, reports: 1) The number of features in B that overlapped the A interval. 2) The number of bases in A that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in A. 4) The fraction of bases in A that had non-zero coverage. Og dette er tilsvarende utdata fra versjon 2.19:
Default Output: After each entry in B, reports: 1) The number of features in A that overlapped the B interval. 2) The number of bases in B that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in B. 4) The fraction of bases in B that had non-zero coverage. Oppdater : Atferdsendringen skjedde i versjon 2.24:
Vi har endret oppførselen til dekningsverktøyet slik at det er i samsvar med de andre verktøyene. Spesifikt blir dekning nå beregnet for intervallene i A-filen basert på overlappingen s med B-filen, snarere enn omvendt.
Kommentarer
- Takk Devon! Jeg var ikke ' ikke klar over ' -bryteren '. Å bytte -a og -b løser virkelig problemet mitt!