Bootstrap-waarden

De bootstrap-waarden behoren tot een brede categorie waarden genaamd ondersteuningswaarden . Ondersteuningswaarden in het algemeen worden gebruikt om een indicatie te geven van de mate waarin men er zeker van kan zijn dat de vertakking een of ander “signaal” vertegenwoordigt dat aanwezig is in de gegevens.

In het bijzonder geven bootstrap-waarden aan hoe robuust de takken in de boom zijn, dat wil zeggen hoe resistent ze zijn tegen verstoring van de gegevens. Ze worden verkregen door kolommen opnieuw te bemonsteren in de datamatrix, door bomen te bouwen uit dergelijke opnieuw bemonsterde matrices, en kijken naar het aandeel van de verkregen trees die een bepaalde branch bevatten.

In het geval van bootstrap wordt de stap van het opnieuw bemonsteren op de volgende manier gedaan: Stel dat de originele datamatrix N kolommen heeft (d.w.z. N gecodeerde karakters, dat kunnen nucleotiden of aminozuren zijn in een sequentie-uitlijning, morfologische karakters, aanwezigheid-afwezigheid van genomische kenmerken, enz.). Een nieuwe matrix wordt verkregen door willekeurig een van deze kolommen N keer te tekenen. De nieuwe matrix zal dus hetzelfde aantal karakters hebben, maar sommige van de originele matrix zullen meerdere keren aanwezig zijn en sommige zullen afwezig zijn. Dit heeft invloed op de topologie van de boom. Als een vertakking bijvoorbeeld werd ondersteund door tekens die nu afwezig zijn, verschijnt deze tak mogelijk niet meer met deze specifieke herbemonstering. Het opnieuw bemonsteren wordt gewoonlijk ongeveer 100 of 1000 keer gedaan.

Een lage bootstrap-waarde betekent dat als de boom is gebouwd met een subset van de gegevens, het waarschijnlijk is dat deze branch niet zal verschijnen.

Een hoge bootstrap-waarde betekent dat de branch waarschijnlijk zal verschijnen in een boom die is opgebouwd uit zon opnieuw gesamplede matrix. Dit betekent echter niet noodzakelijk dat het filiaal waarschijnlijker de echte historische relaties vertegenwoordigt: soms kunnen reconstructie-artefacten robuust zijn. Bij sommige reconstructiemethoden voor moleculaire fylogenie kunnen taxa bijvoorbeeld uiteindelijk worden gegroepeerd op basis van overeenkomsten in genoomsamenstelling. Hoge bootstrap-waarden geven aan dat er een sterk signaal is in de gegevens die de branche ondersteunen, of het nu een historisch signaal is of iets anders.

Opmerkingen

• Mooi antwoord + 1. Wilt u verduidelijken hoe we resamplen. Gewoon uitleggen hoe de gegevens in de matrix zijn georganiseerd, zou kunnen helpen om te verduidelijken wat re-sampling columns in the data matrix werkelijk betekent. Betekent dit dat de SNPs in volgorde worden gezet, of de beschikbare individuen, of andere voorverwerkte statistieken, enz …?
• @ Remi.b Ik heb geprobeerd mijn antwoord een beetje uit te breiden. Dit is het opnieuw bemonsteren van karakters (conventioneel gecodeerd als kolommen), niet individuen (conventioneel gecodeerd als regels). Merk op dat het opnieuw bemonsteren van individuen zou leiden tot bomen op verschillende sets taxa, en het zou daarom onmogelijk zijn om simpelweg takken tussen bomen te vergelijken en ondersteuningswaarden voor takken te berekenen.
• @ Remi.b Als je kunt lezen Frans en geïnteresseerd zijn in deze ondersteuningswaarden, kun je de introductie van mijn proefschrift eens bekijken (paginas 9 en 10 van tel.archives-ouvertes.fr/tel-00331825 ). Ik zie dat ik " perturbations de l é chantillonnage taxinomique " noemde op manieren van robuustheid meten, maar ik ' kan me niet herinneren wat ik in gedachten had …
• Wow, ik wist niet dat mensen nog steeds een proefschrift in het Frans schrijven! Het voelt als vervelend om uw publicaties alleen voor het proefschrift van het Engels naar het Frans te moeten vertalen. Ja, ik kan Frans lezen. Bedankt voor de link.
• In Frankrijk denk ik dat het nog steeds vrij gebruikelijk is om scripties in het Frans te schrijven (vooral in de geesteswetenschappen, maar niet alleen). De hoofdtekst van het proefschrift is in het Frans geschreven, maar de artikelen zijn in het Engels opgenomen zoals ze zijn. Ik ' ben blij dat ik in mijn moedertaal kon schrijven: het maakte de ervaring veel leuker.