Niedawno zainstalowałem Ubuntu 16.04 (ponieważ nadal korzystałem z 12.04). Ale wygląda na to, że moje skrypty bedtools już nie działają poprawnie. Nie mogę wymyślić, jak używać nowych bedtools do moich starych sposobów. Chcę uzyskać liczbę odczytów z pliku bam na interwał z pliku łóżka. To było bardzo proste z moją starą wersją Ubuntu i Bedtools:
bedtools coverage -abam file.bam -b All_peaks.bed > file.cov.txt Ale to już nie działa. W rezultacie otrzymywałem małe pliki (~ 3 MB), ale teraz tworzone są ogromne pliki (~ 4 GB), w tym nazwy odczytu ??
Teraz używam bedtools v2.25.
Odpowiedź
Kolejność -a i -b zmieniła się w pewnym momencie. Chcesz:
bedtools coverage -a All_peaks.bed -b file.bam > file.cov.txt Dla porównania, to jest koniec wyjścia pomocy w wersji 2.25:
Default Output: After each entry in A, reports: 1) The number of features in B that overlapped the A interval. 2) The number of bases in A that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in A. 4) The fraction of bases in A that had non-zero coverage. A to jest równoważne dane wyjściowe z wersji 2.19:
Default Output: After each entry in B, reports: 1) The number of features in A that overlapped the B interval. 2) The number of bases in B that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in B. 4) The fraction of bases in B that had non-zero coverage. Aktualizacja : Zmiana w zachowaniu nastąpiła w wersji 2.24:
Zmieniliśmy zachowanie narzędzia pokrycia tak, aby było zgodne z W szczególności pokrycie jest teraz obliczane dla przedziałów w pliku A na podstawie nakładania się z plikiem B, a nie odwrotnie.
Komentarze
- Dzięki Devon! Nie ' nie wiedziałem o ' przełączniku '. Przełączanie -a i -b rzeczywiście rozwiązuje mój problem!