Mit jeleznek a bootstrap értékek a fajok közötti kapcsolatról? A Mega programon dolgozom, de nem értem, hogy a bootstrap értéke mit jelent egyszerű értelemben, és azt is, hogy mit jelez a fajok közötti kapcsolatról
Megjegyzések
- Üdvözöljük a Biology.SE oldalon! Milyen kutatásokat végzett, mielőtt itt feltette a kérdést?
Válasz
A rendszerindító értékek az értékek széles kategóriájába tartoznak, az úgynevezett támogatási értékek . A támogatási értékeket általában arra használják, hogy valamilyen módon jelezzék a milyen mértékben lehet biztos abban, hogy az elágazás valamilyen “jelet” képvisel az adatokban.
A bootstrap értékek különösen azt mutatják, hogy robusztus az ágak a fában, vagyis mennyire ellenállóak az adatok perturbációjával szemben. Ezeket úgy kapják meg, hogy újból mintavételeznek oszlopokat az adatmátrixban, és fákat építenek az ilyen mintavételekből. mátrixokat, és a kapott arányát nézzük egy adott ágat tartalmazó fák.
A bootstrap esetében az új mintavételezési lépés a következő módon történik: Tegyük fel, hogy az eredeti adatmátrix N oszlopot tartalmaz (azaz N kódolt karakter, amelyek lehetnek nukleotidok vagy aminosavak a szekvencia összehangolásában, morfológiai karakterek, genomikus jellemzők jelenléte-hiánya stb.). Új mátrixot kapunk, ha véletlenszerűen megrajzoljuk ezen oszlopok egyikét, N-szer. Az új mátrixnak tehát ugyanannyi karaktere lesz, de az eredeti mátrixból néhányan többször, mások pedig hiányoznak. Ez befolyásolni fogja a fa topológiáját. Például, ha egy ágat olyan karakterek támogattak, amelyek most hiányoznak, akkor ez az ág nem feltétlenül jelenik meg ennél a bizonyos új mintavételnél. Az új mintavételezés általában körülbelül 100 vagy 1000 alkalommal történik.
Az alacsony bootstrap érték azt jelenti, hogy ha a fát az adatok egy részhalmazával építik fel, akkor valószínűleg ez az ág nem jelenik meg.
A magas bootstrap érték azt jelenti, hogy az ág valószínűleg megjelenni fog egy olyan fán, amely egy ilyen újból mintavételezett mátrixból épült fel. Ez nem feltétlenül jelenti azt, hogy az ág nagyobb valószínűséggel képviseli a valódi történelmi kapcsolatokat, bár: néha a rekonstrukciós műtárgyak robusztusak lehetnek. Például néhány molekuláris filogenitás rekonstrukciós módszerrel a taxonok végül a genom összetételének hasonlóságai alapján csoportosíthatók. A magas bootstrap értékek azt jelzik, hogy az ágat támogató adatokban erős jel van, legyen az történelmi jel vagy más.
re-sampling columns in the data matrix
. Ez azt jelenti, hogy a szekvenált SNP-ket, vagy a rendelkezésre álló személyeket, vagy más, előre feldolgozott statisztikákat stb. Alcsoportba soroljuk?