Nemrég telepítettem az Ubuntu 16.04-et (mert még mindig 12.04-et használtam). De úgy tűnik, hogy az ágynemű szkriptjeim már nem működnek megfelelően. Nem tudom kitalálni, hogyan használjam az új ágyneműt a régi módjaimhoz. Amit meg akarok tenni, az az, hogy egy bam-fájlból, az intervallumonként egy ágy-fájlból olvasásszámot kapok. Nagyon egyszerű volt az Ubuntu régi verziójával és az ágyneművel:
bedtools coverage -abam file.bam -b All_peaks.bed > file.cov.txt De úgy tűnik, ez már nem működik. Kicsi fájlokat kaptam eredményként (~ 3 MB), de most hatalmas fájlok jönnek létre (~ 4 GB), beleértve az olvasott neveket is.
Most a bedtools v2.25 verziót használom.
Válasz
-a és -b sorrend valamikor váltott. A következőt szeretné:
bedtools coverage -a All_peaks.bed -b file.bam > file.cov.txt Tájékoztatásul a 2.25-ös verzió súgójának vége:
Default Output: After each entry in A, reports: 1) The number of features in B that overlapped the A interval. 2) The number of bases in A that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in A. 4) The fraction of bases in A that had non-zero coverage. És ez a 2.19 verzió egyenértékű kimenete:
Default Output: After each entry in B, reports: 1) The number of features in A that overlapped the B interval. 2) The number of bases in B that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in B. 4) The fraction of bases in B that had non-zero coverage. Frissítés : A viselkedés változása a 2.24 verzióban történt:
A lefedettség eszköz viselkedését úgy változtattuk meg, hogy az összhangban legyen a Pontosabban, az átfedés az A fájlban szereplő intervallumokra számít az átfedés alapján s a B fájllal, nem pedig fordítva.
Megjegyzések
- Köszönöm Devon! Nem voltam ' tudatában a ' kapcsolónak '. Az -a és -b váltása valóban megoldja a problémámat!