Questa potrebbe essere una semplice domanda per esperti di genetica statistica. Ho approfondito questo aspetto facendo unanalisi per unamica a margine di un compito di bioinformatica in cui la stavo aiutando. Unopportunità per me di imparare cose nuove.
Per contesto: ho una tabella delle frequenze genotipiche per casi e controlli sani di diverse etnie. La mia ipotesi è che una gravità della malattia sia associata al genotipo. Cioè, una mutazione da GG a GA o AA potrebbe aumentare la gravità della malattia.
Ho identificato alcuni test per le tendenze che sono interessanti per la mia domanda: il test di tendenza di Cochran-Armitage e il chi-quadrato test per esplorare lindipendenza dei genotipi.
Nello specifico, mi piace essere corretto / criticato / consigliato sulla mia strategia di analisi. La funzione R prop.trend.test () può essere utilizzata per lo stesso scopo del test CA se ho una tabella genotipica 2X2 (non allele) invece di una tabella 3X2?
Quindi per gentoypes GG (case = 41, controllo = 29), GA (n = 1,2) e AA (n = 0,2). Voglio vedere se esiste una tendenza associata solo allomozigote AA, posso fare una tabella 2X2 come segue:
Control Case RowTotals AA 0 2 2 GA+GG 42 31 73 colTotals 42 33 75 Quindi fai prop.trend. test (c (2,31), c (2,73)) utilizzando i totali di riga.
Allo stesso modo Se voglio vedere se il coinvolgimento dellallele A mostra una tendenza, posso modificare la tabella come segue e fare prop.trend.test (c (29,4), c (70,5)) :
Control Case RowTotals GG 41 29 70 GA+AA 1 4 5 colTotals 42 33 75 I genotipi nei casi e nei controlli sono in equilibrio di Hardy-Weinberg. La malattia che sto testando ha una bassa prevalenza, non so se la malattia è moltiplicativa e quindi sto usando i genotipi invece delle frequenze alleliche, ho letto che da un documento che suggerisce queste tre ipotesi devono valere per lavorare con i conteggi allelici. Inoltre la mia dimensione del campione è troppo piccola e consiste solo di 34 casi e 41 controlli.
La mia idea ha senso?
Commenti
- Hai provato il mio metodo di prop.trend.test menzionato nella risposta di seguito?
Risposta
Poiché ci sono 41, 1 e 0 casi su un totale di 70, 3 e 2 soggetti rispettivamente per GG, AG e AA, prop.trend.test può essere eseguito come segue:
> prop.trend.test(c(41,1,0), c(70,3,2)) Chi-squared Test for Trend in Proportions data: c(41, 1, 0) out of c(70, 3, 2) , using scores: 1 2 3 X-squared = 3.3444, df = 1, p-value = 0.06743 Mostra che cè una tendenza verso unassociazione significativa di riduzione del rischio di malattia con lallele A, poiché la proporzione di casi si sta riducendo da GG ad AG ad AA (dal 59% al 33% allo 0%) .
Modifica: come discusso nei commenti, il test di Cochran-Armitage è il test preferito per questa situazione ( https://en.wikipedia.org/wiki/Cochran%E2%80%93Armitage_test_for_trend#Application_to_genetics )
> CA_df<-data.frame(case=c(41,1,0), control=c(29,2,2)) > independence_test(control ~ case, data=CA_df) Asymptotic General Independence Test data: control by case Z = 1.4139, p-value = 0.1574 alternative hypothesis: two.sided Si dovrebbe essere in grado di farlo anche dopo aver combinato i gruppi di alleli A:
> CA_df<-data.frame(case=c(41,1), control=c(29,4)) > independence_test(control ~ case, data=CA_df) Asymptotic General Independence Test data: control by case Z = 1, p-value = 0.3173 alternative hypothesis: two.sided Commenti
- Tha nks, ho usato prop.trend.test () in quel modo che funziona bene. Volevo fare un ulteriore passo avanti e conoscere la legittimità della modifica delle tabelle in 2X2 per enfatizzare la tendenza del genotipo AA nei casi, nonché la tendenza combinata AA / GA nei casi sullo sfondo del WT GG.
- Il risultato che ottengo da prop.trend.test () è significativamente diverso rispetto a quello che ottengo dal test Cochrane-Armitage che è sbalorditivo. Come può essere spiegato. Ecco il mio codice
library(coin) CA_df<-data.frame(case=c(41,1,0), control=c(29,2,2)) independence_test(control ~ case, data=CA_df) - Sono daccordo che il test di Cochran-Armitage debba essere eseguito. en.wikipedia.org/wiki/… Ho modificato la mia risposta.