Recentemente ho installato Ubuntu 16.04 (perché stavo ancora usando 12.04). Ma sembra che i copioni dei miei sgabelli non funzionino più correttamente. Non riesco a capire come usare i nuovi sgabelli per i miei vecchi modi. Quello che voglio fare è ottenere il numero di letture da un file bam, per intervallo da un file bed. Era molto semplice con la mia vecchia versione di Ubuntu e bedtools:
bedtools coverage -abam file.bam -b All_peaks.bed > file.cov.txt Ma questo non sembra funzionare più. Ero solito ottenere piccoli file come risultati (~ 3 MB), ma ora vengono creati file enormi (~ 4 GB) inclusi i nomi di lettura ??
Ora sto usando bedtools v2.25.
Risposta
Lordine di -a e -b è cambiato a un certo punto. Vuoi:
bedtools coverage -a All_peaks.bed -b file.bam > file.cov.txt Per riferimento, questa è la fine delloutput della guida nella versione 2.25:
Default Output: After each entry in A, reports: 1) The number of features in B that overlapped the A interval. 2) The number of bases in A that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in A. 4) The fraction of bases in A that had non-zero coverage. E questo è loutput equivalente della versione 2.19:
Default Output: After each entry in B, reports: 1) The number of features in A that overlapped the B interval. 2) The number of bases in B that had non-zero coverage. 3) The length of the entry in B. 4) The fraction of bases in B that had non-zero coverage. Aggiorna : La modifica nel comportamento è avvenuta nella versione 2.24:
Abbiamo modificato il comportamento dello strumento di copertura in modo che sia coerente con gli altri strumenti In particolare, la copertura viene ora calcolata per gli intervalli nel file A in base alla sovrapposizione s con il file B, piuttosto che viceversa.
Commenti
- Grazie Devon! ' non ero a conoscenza del ' interruttore '. Cambiare -a e -b risolve davvero il mio problema!